Bogusław Liberadzki, poseł SLD do Parlamentu Europejskiego, w latach 1993-97 minister transportu i gospodarki morskiej, uważa że dokument określany powszechnie mianem „krajowego planu transportowego” wymaga całkowitej przebudowy.
W październiku 2012 r., decyzją ówczesnego szefa MTBiGM Sławomira Nowaka przyjęty został „Plan zrównoważonego rozwoju publicznego transportu zbiorowego w zakresie sieci komunikacyjnej w międzywojewódzkich i międzynarodowych przewozach pasażerskich w transporcie kolejowym”, powszechnie określany mianem „krajowego planu transportowego”. Po połączeniu resortów transportu i rozwoju regionalnego, Elżbieta Bieńkowska, nowa wicepremier i szefowa „superministerstwa” zapowiedziała, że będą prowadzone prace nad zmianami w krajowym planie transportowym, gdyż wymaga on korekt. Na razie wicepremier Bieńkowska ani jej urzędnicy nie sprecyzowali, jakie ewentualnie zmiany w dokumencie miałyby zostać wprowadzone.
O konieczności dokonania zmian przekonany jest prof. Bogusław Liberadzki. Poseł do PE zwraca uwagę, że jego zdaniem konieczna jest kompleksowa przebudowa planu.
- Podzielam opinię pani wicepremier, że plan jest niedopracowany. Plan ten wymaga jednak nie tyle korekt, co całkowitego przebudowania, począwszy od sformułowania celu, sposobów finansowania transportu, zwłaszcza infrastruktury. Plan transportowy powinien być powiązany z Europejską Polityką Transportową, a także powinien kreować transport, spedycję i logistykę jako nowy „przemysł narodowy” Polski – mówi „Rynkowi Kolejowemu” Bogusław Liberadzki.
Poseł dodaje też, że przeprowadzenie korekty krajowego planu transportowego może być trudne w kontekście rewolucji kadrowej, jaka została dokonana po połączeniu MRR z MTBiGM. – Pani minister zwolniła z pracy prawie wszystkich wiceministrów związanych z transportem, nie ma informacji co do nowych nominacji, zatem nie ma żadnych podstaw, by stwierdzić, czy ewentualna korekta będzie prowadzić ku lepszemu – konkluduje Bogusław Liberadzki.
Elżbieta Bieńkowska po połączeniu ministerstw odwołała 4 podsekretarzy stanu w dawnym MTBiGM: Andrzeja Massela odpowiedzialnego za kolej, Patrycję Wolińską-Bartkiewicz odpowiedzialną za wydawanie środków unijnych, Piotra Stycznia, który nadzorował budownictwo, a także Macieja Jankowskiego, nadzorującego m.in. Pocztę Polską.