Komisja Europejska po dziewięciu latach od skargi Orlenu nałożyła na litewskie koleje grzywnę w wysokości 27 873 000 euro za łamanie przepisów ochrony konkurencji. Lietuvos geležinkeliai zakłóciły konkurencję na rynku kolejowych przewozów towarowych przez usunięcie odcinka torów łączącego Litwę z Łotwą. Skazało to AB Orlen Lietuva na korzystanie z dłuższej trasy.
W 2008 r. AB Orlen Lietuva, jeden z ważniejszych klientów handlowych litewskich kolei, postanowił przekierować swoje przewozy towarowe z Litwy na Łotwę i korzystać z usług innego przewoźnika kolejowego. W październiku 2008 r. koleje litewskie zdemontowały w pobliżu jego rafinerii 19-kilometrowy odcinek torów łączący oba kraje. Usunięcie tego odcinka spowodowało, że Orlen został zmuszony do korzystania z dużo dłuższej drogi, aby przewozić ładunki na Łotwę. Zdemontowanego odcinka torów kolejowych nadal nie odbudowano; niedawno poinformowano, że
Orlen porozumiał się z Kolejami Litewskimi w sprawie stawek dostępu.
W toku postępowania wyjaśniającego Komisja Europejska stwierdziła, że te działania ograniczają konkurencję na rynku kolejowych przewozów towarowych, uniemożliwiają bowiem dużemu klientowi kolei litewskich korzystanie z usług innego przewoźnika. Koleje litewskie nie przedstawiły żadnego obiektywnego uzasadnienia usunięcia odcinka torów. Takie zachowanie stanowi naruszenie art. 102 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej (TFUE), który zakazuje nadużywania dominującej pozycji na rynku.
W swojej decyzji Komisja nie tylko nałożyła na koleje litewskie grzywnę. Nakazała im też zaprzestać naruszenia i powstrzymać się od podejmowania wszelkich działań mających identyczny lub podobny cel lub skutek. Litewski minister transportu Rokas Masiulis już zapowiedział, że Litwa będzie "broniła swojego interesu" w tej sprawie. Koleje litewskie jako przedsiębiorstwo zintegrowane pionowo jest odpowiedzialne zarówno za infrastrukturę kolejową, jak i transport.
Jak przypomina PAP, w 2006 r. PKN Orlen kupił za 1,49 mld dol. od Jukosu 53,7 proc. akcji litewskiej spółki Mażeikiu Nafta, zarządzającej rafinerią w Możejkach, a następnie na mocy umowy z rządem Litwy nabył kolejne 30,66 proc. udziałów za ponad 852 mln dol. Po sfinalizowaniu sześć lat temu z rządem Litwy umowy kupna pozostałych 10 proc. udziałów i przeprowadzonym wykupie od drobnych inwestorów płocki koncern posiada 100 proc. akcji litewskiej rafinerii, która w 2009 r. zmieniła nazwę na Orlen Lietuva.