– Na decyzję władz miasta o powołaniu spółki kolejowej świadczącej usługi przewozowe wpłynęło kilka czynników – mówi Jerzy Obrębski, członek zarządu, dyrektor przewozów Szybkiej Kolei Miejskiej w Warszawie, który był jedną z osób tworzącą spółkę.
– Po pierwsze, warszawski węzeł kolejowy to siedem linii, gwieździście zbiegających się w centrum, ze sporą liczbą przystanków na terenie aglomeracji warszawskiej. Po drugie, pojawiła się koncepcja budowy połączenia kolejowego na Okęcie. Miasto zobowiązało się do wskazania przewoźnika pasażerskiego oraz finansowania przewozów na trasie z centrum Warszawy do nowej kolejowej stacji pasażerskiej na lotnisku im. Fryderyka Chopina. Po trzecie wreszcie, istniejący wówczas system przewozów regionalnych w rejonie Warszawy całkowicie pomijał przewozy miejskie. Zarząd Transportu Miejskiego miał kłopoty z zamówieniem przewozów pasażerskich u istniejących przewoźników kolejowych ze względu na problemy z jednoznacznym określeniem przez nich kosztów.
Zakładając spółkę, władze stolicy wyposażyły ją w kapitał założycielski w wysokości 72,5 mln zł, który miał umożliwić rozpoczęcie działalności. Spółka bowiem powstała od zera. Pierwszymi jej udziałowcami były: Metro Warszawskie i Tramwaje Warszawskie oraz miasto stołeczne. W 2007 r. udziały przewoźników zostały wykupione i jedynym udziałowcem Szybkiej Kolei Miejskiej do dziś jest Warszawa. Organizatorem przewozów w jej imieniu jest Zarząd Transportu Miejskiego. SKM jest bowiem koleją działającą w systemie komunikacji miejskiej, obowiązują więc w niej te same bilety, co w stołecznych autobusach, tramwajach i metrze.